Obsidian Vault MCP MCP Server

<!-- mcp-name: io.github.luffysolution-svg/obsidian-vault-mcp -->

Obsidian Vault MCP

面向科研文献工作流的本地 MCP 服务：以 Zotero 管理来源，以 MinerU 提取全文，以 Obsidian 沉淀文献、Wiki 与结构化 Analysis，并通过 Skills 让 AI Agent 按可追溯流程工作。

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架构

用户自然语言任务
        ↓
7 个科研 Skills：识别意图、规划步骤、约束证据与输出
        ↓
31 个 MCP Tools：版本契约、查询、导入、解析、检索、校验与事务写入
        ↓
Zotero Desktop ── PDF ── MinerU ── Obsidian Vault
                                      ├─ Literature 主笔记
                                      ├─ PDF 与全文 Markdown
                                      ├─ Index / Literature.base
                                      ├─ Wiki
                                      └─ 五类 Analysis / Analysis.base

项目不绑定大模型供应商。MCP Tools 负责确定性的本地数据操作，Skills 负责把工具编排成可复用的科研工作流。

核心功能

• 稳定文献身份：以 Zotero 父条目 zoteroKey 作为主键。
• Zotero 导入与同步：支持单篇、Collection、notes、annotations、BibTeX、存储附件和链接附件。
• MinerU 全文解析：将 PDF 规范化为 Markdown，每篇文献使用独立图片目录和相对链接。
• Obsidian 文献库：自动维护 Literature/index.md、Literature/Literature.base、主笔记、PDF、全文和 Wiki。
• 结构化研究层：支持 full_read、literature_review、passage_qa、figure_qa、concept 五类 Analysis。
• 统一数据库视图：Literature/Analysis/Analysis.base 提供 9 个视图。
• 科研 Skills：内置 paper-qa、full-read、passage-qa、figure-qa、compare-papers、literature-review、concept-learning。
• 安全写入：支持 dry-run、staging、锁、备份、原子替换、事务预览和回滚。
• 版本可验证：literature_version 返回当前版本、31 个工具、7 个 Skills 和五类 Analysis。
• 多客户端接入：支持 Codex、Claude Code、OpenCode、Pi、Hermes 和 WorkBuddy。

效果展示

文献目录

<img src="https://raw.githubusercontent.com/luffysolution-svg/obsidian-vault-mcp/main/docs/assets/screenshots/v2/vault-structure.png" alt="Obsidian 文献目录" width="320">

Literature Index

<img src="https://raw.githubusercontent.com/luffysolution-svg/obsidian-vault-mcp/main/docs/assets/screenshots/v2/literature-index.png" alt="Literature Index" width="760">

多篇文献形成的可追溯 Wiki

<details> <summary>展开效果图</summary> <img src="https://raw.githubusercontent.com/luffysolution-svg/obsidian-vault-mcp/main/docs/assets/screenshots/v2/wiki-synthesis.png" alt="可追溯 Wiki 综合页面" width="780"> </details>

安装

3.0.2 已正式发布，要求 Python 3.10+。以下公开安装命令现已可用。

uv（推荐）

uv tool install "zotero-obsidian-mcp==3.0.2"
obsidian-vault-mcp --help

无需持久安装：

uvx --from "zotero-obsidian-mcp==3.0.2" obsidian-vault-mcp doctor --vault-path "<VAULT_PATH>"

pipx / pip

pipx install "zotero-obsidian-mcp==3.0.2"
# 或
python -m pip install "zotero-obsidian-mcp==3.0.2"

MCP Registry

io.github.luffysolution-svg/obsidian-vault-mcp

等价的 stdio 配置：

{
  "mcpServers": {
    "obsidian-literature": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "zotero-obsidian-mcp==3.0.2",
        "obsidian-vault-mcp",
        "serve",
        "--transport",
        "stdio"
      ],
      "env": {
        "OBSIDIAN_VAULT_PATH": "<VAULT_PATH>"
      }
    }
  }
}

首次配置

目标目录必须是已由 Obsidian 打开过的 Vault，并包含 .obsidian/。

obsidian-vault-mcp config init --vault-path "<VAULT_PATH>" --dry-run
obsidian-vault-mcp config init --vault-path "<VAULT_PATH>"
obsidian-vault-mcp config validate --vault-path "<VAULT_PATH>"
obsidian-vault-mcp doctor --vault-path "<VAULT_PATH>"
obsidian-vault-mcp call literature_version --json '{}'

启动 Zotero Desktop 并启用本地 API：

obsidian-vault-mcp call zotero_search_items --json '{"query":"photocatalysis"}'
obsidian-vault-mcp import item ABCD1234 --vault-path "<VAULT_PATH>" --dry-run
obsidian-vault-mcp import item ABCD1234 --vault-path "<VAULT_PATH>"

链接附件配置：

{
  "zotero": {
    "linkedAttachmentBaseDir": "<ZOTERO_LINKED_ATTACHMENT_BASE_DIR>"
  }
}

MinerU 解析：

obsidian-vault-mcp mineru parse ABCD1234 --vault-path "<VAULT_PATH>" --dry-run
obsidian-vault-mcp mineru parse ABCD1234 --vault-path "<VAULT_PATH>"

规范产物：

Literature/attachment/MinerU/ABCD1234.md
Literature/attachment/MinerU/image/ABCD1234/ABCD1234-fig01.png

Agent 与插件安装

obsidian-vault-mcp agent install codex --dry-run
obsidian-vault-mcp agent install codex

客户端名称可替换为 claude、opencode、pi、hermes 或 workbuddy。

客户端	安装内容
Codex	原生 marketplace 插件、MCP 和 7 Skills
Claude Code	原生 marketplace 插件、MCP 和 7 Skills
OpenCode	项目本地 MCP 和 7 Skills
Pi	薄 TypeScript Extension
Hermes	MCP 配置
WorkBuddy	MCP 配置

GitHub Release 中的离线插件包：

obsidian-vault-mcp-3.0.2-plugins.zip

Skills

Skill	工作流
paper-qa	单篇快速问答，默认不写入 Vault
full-read	单篇完整精读并保存 full_read
passage-qa	定位具体段落、方法、数据或结论
figure-qa	解读图、表、Scheme 和方程
compare-papers	对用户选定论文建立可比性矩阵
literature-review	对文献池进行主题化综述
concept-learning	跨文献建立概念模型

正式工具面

分组	数量
版本、系统与配置	5
Zotero	6
导入与同步	4
MinerU	3
导航与校验	3
Analysis	5
Wiki	3
事务	2
合计	31

发布一致性

3.0.2 必须同时出现在 Python 包、运行时 __version__、MCP Registry server.json、Codex/Claude 插件清单、Pi 包、Git Tag v3.0.2、GitHub Release 和 PyPI 中。Release workflow 会校验版本、Tag 和产物身份，构建 wheel、sdist、插件 ZIP，执行测试与 handshake，并生成 SHA256SUMS。

安全边界

• 所有写操作先 dry-run，再提交并保存 transactionId。
• 不要提交 Vault 绝对路径、Zotero 数据目录、MinerU token 或其他凭据。
• MinerU 可能把 PDF 发送到外部服务，使用前确认授权和组织政策。
• 推荐本地 stdio；SSE/HTTP 必须放在可信认证边界之后。
• 事务备份不替代独立的 Vault 备份。

贡献者

感谢 方珸 / Lym Fang (@LimFang) 提出 Zotero 链接附件兼容方案。完整记录见 CONTRIBUTORS.md。